由于南宋末蒙古军队对四川的入侵,在长达51年的战争里,四川的经济、文化遭到严重摧残,人口从南宋中期的淳熙二年(1175)的1290万减少到元初至元二十七年(1290)的16.5万,大批人民和世族逃亡到长江中下游地区,使得南宋以前繁荣一时的四川饮食文化受到毁灭性的打击。虽然明初有两湖、下江地区对四川的移民,这些移民成分多属于下层,且人数很有限,到明后期的万历六年(1578)才恢复到310万,约占当时全国人口的0.06。明末清初张献忠部队对四川的入侵以及与明残余部队、清军的长期交战,又使四川的人口进一步减少到50万人。清初以后,清政府组织了对四川地区的大规模移民,到清乾隆末(1787)因清初移民143年后达到第一次高峰的857万,却仍然不能达到南宋中期的人口数目,而且,清代中期以前虽然有大量移民,但其素质并不高,几乎都是在当地没有恒产的底层人士,这和唐末、北宋末大批精英人才迁入四川是不能比拟的,因此四川文化仍然处于全国落后的地位,根本不能同汉、唐、两宋繁荣的亚文化相比。
在这样的情况下,四川的烹饪文化在全国的地位也一落千丈,我们在已知的明清文献里查不到两宋首都开设的川饭食店在北京开设的记录,也未发现多少叙述从元到清中期之前川菜特色的文章。这并不奇怪,晚明张瀚西游成都时就看到一遍萧条冷清,落后的景象,推测精致烹饪文化已经基本上不存在了。到了清中期时,涌进四川的移民主要成分来自湖广、陕西、两广、江西、福建等地,他们占据了川西、川南、川东、川北最富庶地区,而将残存的少数土著居民挤到盆地边缘,由于这些移民中绝大多数来自下层,不可能带来精致的外地饮食技艺,那时四川的经济还正在酝酿腾飞之际,这就使得四川直到清咸丰、同治以前,饮食文化与文化本身不可能出现大的恢复和新的飞跃。